Boerenkaas is een ambachtelijk product. Het wordt gemaakt van het beste wat de boer en koe te bieden hebben. Ondanks alle nieuwe technieken blijft het maken van de kaas pure ambacht. Deze kazen worden gerijpt op houten planken waardoor de kaas goed kan rusten en de smaak nog beter wordt.
Het belangrijkste verschil tussen de boerenkaas en fabriekskaas is de grondstof, de melk. Op de boerderij gaat men uit van rauwe melk, gekoelde melk van de avond tevoren en nog warme melk van dezelfde ochtend. Bij de kaasfabriek wordt de melk eerst gepasteuriseerd, dat wil zeggen vijftien seconden lang verhit tot een temperatuur van circa 65 °C. Daardoor wordt een aantal bacteriesoorten gedood. Een tweede verschil is dat men in de fabriek uitgaat van gestandaardiseerde melk. Dat wil zeggen dat het vetgehalte van de melk op een bepaald niveau is gebracht. Op de boerderij kan het vetgehalte variëren. Een derde verschil is dat op de boerderij de kaas grotendeels met de hand wordt gemaakt. Het productieproces van deze Hollandse delicatesse gebeurt volledig op de kaasboerderij. Door zijn bereiding heeft dit product een erg streekgebonden smaak, want bij de ontwikkeling van zijn typische smaak spelen vooral de natuurlijke factoren zoals klimaat, hoedanigheid van de plaatselijke grondsoort, het daarop groeiende gras en de daarop geteelde gewassen voor de voedering van het vee een grote rol. Goudse boerenkaas heeft dus zijn typische “goût du terroir”.
Na deze productie moet de kaas kortere of langere tijd rijpen. Omdat hierbij de omstandigheden (temperatuur, vochtigheid, hygiëne) goed beheerst moeten worden, wordt er doorgaans gerijpt in gespecialiseerde kaaspakhuizen.